Johann Nepomuk Ender započal v roce 1806 se studiem malířství na vídeňské akademii (Akademie der bildenden Künste), bylo mu 13 roků. Nejdříve započal s historickými motivy, debutoval se souborem prací na téma Smrt Marka Aurelia (Der Tod Marc Aurels; nachází se dnes v Esterházyovské galerii ve Vídni). Později byl ovlivněn Jeanem-Baptistem Isabeyem a přešel k malbě miniatur, zaměřil se na portréty. Pracoval pro maďarský šlechtický rod Széchéniů. Dlouhodobě se pak zabýval životem v oblasti dnešního Maďarska. Od roku 1820 studoval malbu v Itálii (Řím a San Luka), zabýval se zejména dílem slavného Rafaela, který byl považován za největšího starého mistra. Po návratu do Vídně v roce 1826 vyučoval na vídeňské akademii, kde se stal roku 1829 profesorem. Jeho tvorba zahrnovala především olejomalby a mědirytiny. Vynikal zejména v portrétním umění. Podle dobové kritiky byla vrcholem jeho tvorby freska Ukřižování Krista – čelní freska v Lichtensteinské kapli dómu Sv. Štěpána ve Vídni, na které pracoval v letech 1850-1852. Druhé jeho freskové dílo je cyklus ze života Madony v poutním kostele v Mariazellu. Johann Ender měl dva syny Eduarda a Thomase, oba se stali také malíři.